O Programa oferece oportunidade de pesquisa nas seguintes linhas:
 1. Manejo de Culturas
 2. Sistemas de Produção Vegetal Sustentáveis
 3. Fitossanidade e Controle Alternativo
 
-  Manejo de Culturas
 
Estudos sobre nutrição mineral de plantas, correção e fertilização do solo para os cultivos. Processos fisiológicos que controlam o metabolismo, crescimento e desenvolvimento das plantas. Avaliação e desenvolvimento de técnicas e processos envolvidos na implantação e condução de culturas; colheita e armazenamento de seus produtos. Desenvolvimento, avaliação e multiplicação de genótipos superiores por métodos convencionais e biotecnológicos. Produção e tecnologia de sementes. Fisiologia e tecnologia pós-colheita. Tecnologia de Aplicação de Defensivos Agrícolas.
 
-  Sistemas de Produção Vegetal Sustentáveis
 
Estudos sobre manejo e conservação de recursos naturais. Demandas e impactos de agorecossistemas. Avaliação do impacto ambiental da utilização de insumos agropecuários. Tratamento e reciclagem de resíduos. Estudo da interferência do clima no desenvolvimento das culturas. Estudos de plantas com potencial para fins energéticos. Desenvolvimento e avaliação de técnicas para o aproveitamento e agregação de valor de resíduos agrícolas para fins energéticos e alimentícios.
 
-  Fitossanidade e Controle Alternativo
 
Estudos sobre levantamento, identificação e caracterização biológica e molecular de pragas e patógenos com risco potencial de dano ao crescimento e desenvolvimento de plantas cultivadas. Biologia e ecologia de pragas, patógenos e agentes biológicos de controle.  Métodos de controle biológico, genético, físico, químico e alternativo de pragas e doenças de plantas.